La storia della villa è indissolubilmente intreccciata con la nascita della villeggiatura invernale inglese ad Alassio. Nel 1875 due gentiluomini scozzesi, George Henderson Gibb e il Generale William Montagu Scott McMurdo furono i primi britannici insieme alle loro famiglie a trascorrere un intero inverno ad Alassio e a decidere, l'anno seguente, di acquistare due ampi terreni sulla collina di Alassio in località Costa, il Parco Fuor del Vento e il Molino di Sopra.
Il Gen. McMurdo era un veterano dell'esercito britannico che si era distinto durante la guerra di Crimea e numerose campagne militari in Pakistan e Afghanistan. Aveva sposato la figlia di un altro celebre militare, il Generale Napier, che aveva anch'egli prestato servizio in India ed in Afghanistan. Insomma, volendo mutuare una definizione dal titolo di un libro di Lytton Strachey, erano entrambi Eminent Victorians.
Il primo edificio ad essere costruito dal Gen. McMurdo sulla sua proprietà non fu l'attuale Villa della Pergola ma la sua dependance, il Villino della Pergola, che all'epoca della sua costruzione si chiamava Casa Napier. Il Villino, più ancora che la Pergola, riflette il gusto ed il vissuto del suo ideatore: la villa infatti fu progettata secondo i canoni e il gusto anglo-indiano, ossia lo stile architettonico amato dagli inglesi che avevano vissuto per gran parte della loro vita in India come militari, funzionari civili o uomini d'affari. Costruita su tre livelli, l'edificio venne dotato di ampie verande e pergole che ricordano esattamente le case inglesi costruite in quegli stessi anni in India e Malesia per i funzionari dell'Impero Britannico. Leggendo una novella di Somerset Maugham, uno scrittore che aveva viaggiato e studiato approfonditamente il mondo e la società coloniale inglese in Estremo Oriente, non sarà difficile riconoscere suggestivi profili di dimore per certi versi molto simili. Alcuni anni dopo la costruzione del primo edificio, la famiglia McMurdo costruì la grande Villa della Pergola. Questo edificio di dimensioni maggiori rispetto al primo, ma in una posizione leggermente meno elevata, fu costruito seguendo un gusto eclettico, riproponendo nuovamente ampie balconate e verande ma al contempo inserendo elementi di maggior pregio e sfarzo, come la cupola rivestita in maioliche policrome, quasi a ricordare una cupola di una chiesa russa-ortodossa e, al suo interno, un profluvio di marmi con, in prossimità dello scalone centrale, addirittura una fontana. Il parco, nelle intenzioni della famiglia McMurdo, doveva essere la naturale continuazione degli ambienti interni delle ville verso il sole e la flora del Mediterraneo. Si progettò un giardino con uno sviluppo su più livelli terrazzati, seguendo l'andamento naturale della collina. Agli uliveti e aranceti, che predominavano in precedenza, fu fatto spazio alle palme delle Canarie, Washingtoniane, Dactilifere e, naturalmente, ai cipressi, alberi amatissimi dagli inglesi in Italia, che li diffusero nei propri giardini in omaggio, soprattutto, all'amore della colonia anglo-fiorentina per il paesaggio ed i viali toscani.